Od początku istnienia muzeum tj. od 1897 r. poprzez wszystkie lata funkcjonowania placówki dyrekcja, pracownicy merytoryczni i działające pracownie konserwacji poczyniły niemałe starania, aby chronić, konserwować i przywracać walory estetyczne gromadzonym dziełom sztuki.
Powstające w 1897 r. Muzeum Sztuki i Starożytności jako siedzibę otrzymało barokowy Dom Komendanta. Około 1930 r. założono w nim Warsztaty Konserwacji Zabytków, które świadczyły usługi w zakresie konserwacji dla muzeum oraz dla całej prowincji górnośląskiej. Zgromadzone do roku 1945 zbiory w ilości 33 659 sztuk były imponujące. W ich skład wchodziła kolekcja malarstwa. rzeźby, grafiki, rzemiosła artystycznego, dokumentów i druków nyskich oraz innych. Niestety wiele z nich uległo zniszczeniu i rozproszeniu po pożarze w 1945, w którym znacznemu uszkodzeniu uległ również budynek muzeum. Zostały podjęte usilne starania o reaktywowanie nyskiego muzeum. Włożono ogromny trud w ponowne gromadzenie zbiorów, ich zabezpieczanie i konserwowanie. Formalnie muzeum zaczęło ponownie funkcjonować od 1947 r. Prace konserwatorskie przy gromadzonych obiektach zabytkowych wykonywano w ramach współpracy z indywidualnymi konserwatorami dzieł sztuki oraz Państwowymi Pracowniami Konserwacji Zabytków w Krakowie, Łodzi. Poznaniu, Wrocławiu, Katowicach i Opolu. Od 1963 r. w muzeum działała pracownia konserwacji zatrudniająca dyplomowanego konserwatora dzieł sztuki. W ten sposób większość obiektów zabytkowych znajdujących się obecnie na ekspozycji muzealnej „przeszła" przez ręce konserwatora i została poddana istotnym zabiegom specjalistycznym, które zahamowały procesy niszczące i przywróciły walory estetyczne. Muzealna pracownia konserwacji została zlikwidowana w 1971 r.
Po długiej przerwie zaistniały korzystne okoliczności, aby w lipcu 1998 roku ponownie ją reaktywować. Był to czas zwiększonej pracy konserwatorskiej dla muzeum. Powódź 1997 r. uszkodziła dużą ilość zbiorów muzealnych. W sumie 460 obiektów z Działu Sztuki i Rzemiosła Artystycznego (rzeźba, meble, metal, kamieniarka), ok. 850 rysunków, projektów z archiwum muzealnego. Liczne prace zabezpieczające przy obiektach zabytkowych przeprowadzili wolontariusze i pracownicy muzeum. Podjęto wiele działań mających na celu przeprowadzenie konserwacji uszkodzonych obiektów zabytkowych. Najbardziej zniszczone rzeźby i obrazy zostały przekazane do konserwacji w zaprzyjaźnionych placówkach muzealnych oraz indywidualnym konserwatorom dzieł sztuki.
Nowo powstająca pracownia konserwacji, oprócz prac związanych z profilaktyką konserwatorską za priorytetowe zadanie przyjęła sukcesywne przeprowadzanie konserwacji technicznej drewnianych rzeźb, najbardziej uszkodzonych w czasie powodzi. Do chwili obecnej udało się zakończyć zabiegi zabezpieczające przy kilkudziesięciu rzeźbach. Konserwacja zachowawcza jest ważnym etapem pracy i polega na wykonaniu istotnych zabiegów umożliwiających późniejsze wykonywanie działania z zakresu estetyki. Do zabiegów wstępnych zalicza się: dezynfekcję i dezynsekcję, usunięcie zabrudzeń, przeprowadzenie impregnacji drewna, usunięcie nawarstwień wtórnych, podklejanie polichromii. Konserwacja estetyczna dotyczy uzupełnienia ubytków zaprawy i polichromii oraz wykonywanie ewentualnych rekonstrukcji zabytku.
Obecnie muzealna pracownia konserwacji prowadzi bieżące prace konserwatorskie, systematyczną profilaktykę konserwatorską przy zgromadzonych zabytkach muzealnych oraz tworzy dokumentację opisową i fotograficzną dla poszczególnych obiektów.
